В 1919 году Бакинское викариатство Карталинской и Кахетинской епархии было преобразовано в Прикаспийскую и Бакинскую епархию.
Церковно-административная деятельность в Прикаспийской епархии осложнялась включением Азербайджана в обновленческий Закавказский митрополитанский округ (1923) и преследованиями православного духовенства, активно проводившимися на всей территории СССР (были репрессированы священники Бакинской епархии Андрей Ерёмин († 1937), Евфимий Савельев († 1932), Иоанн Ганчев († 1937) и др.).
3 января 1934 года был освобожден из-под ареста с условием выезда за пределы Азербайджана в двухдневный срок. Где точно находился епископ Митрофан после этого постановления, неизвестно.
16 декабря 1934 года епископ - исповедник скончался и был похоронен на бакинском городском кладбище в Чемберикенде. Надпись надгробного камня гласит:
"Здесь покоится прах епископа Бакинского и Прикаспийского Митрофана (в миру Поликарпова Николая Ивановича). род.1871 г. умер 3/16 декабря 1934 г.". Епископ Митрофан в составленном им самим завещании просил, чтобы его будущий преемник по Бакинской кафедре при прекращении гонений на веру перезахоронил его останки в кафедральном соборе г. Баку. Сейчас епископ Митрофан погребен в крипте кафедрального собора свв. Жен-Мироносиц г. Баку.
С 1934 г. кафедра не замещалась.
(1943г. - 1998г. Азербайджан входил в каноническую территорию Ставропольской епархии.
С 14.01.1999 Бакинским и Прикаспийским епископом является Александр (Ищеин).)
Источник:
Православная энциклопедия